El trato preferencial que se otorga en los acuerdos de libre comercio habitualmente solo abarca productos originarios de los países miembros de dicho TLC, por lo cual las reglas de origen son importantes. Esas reglas son los criterios que determinan el origen nacional de un producto. En general, se considera como país de origen de un producto aquel donde tuvo lugar la última transformación sustancial.
El cumplimiento y la definición de las reglas de origen para bienes y servicios presenta grandes problemas. Ha sido objeto de importantes controversias en muchos acuerdos, y los sindicatos y otros críticos han hecho campaña para denunciar las formas en que es posible, tanto para los gobiernos como para las empresas, usar y abusar de las reglas de origen. En particular existe preocupación por la facilidad con que bienes procesados parcial o totalmente en un tercer país, pueden alcanzar acceso libre de impuestos bajo un acuerdo bilateral, gracias a que se los re-exporta con el procesamiento apenas necesario para satisfacer los requerimientos de las reglas de origen. El tema se complica aún más debido al hecho que distintos TLC utilizan criterios diferentes para establecer las reglas de origen.